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Will Travers, der Protagonist der Serie, arbeitet für The American Policy Institute, das sich mit Spionagearbeit beschäftigt, aber im Bereich der Analyse. Anhand der visuellen Einführung werden die Zuschauer in einen Zeitabschnitt geworfen, in dem Facebook und Google nicht zu existieren scheinen. Die Zuschauer dürften irritiert sein, wenn sie erfahren, dass die Handlung in der Post-9/11-Welt spielt. Will wurde von den Anschlägen schwer getroffen, denn seine Frau und Kind kamen dabei ums Leben. Will und seine Kollegen suchen nach Mustern, nach Verbindungen innerhalb des Weltgeschehens. Will stößt auf Spuren, die verborgen in den Kreuzworträtseln einer Tageszeitung stecken. Als er seinem Schwiegervater und Mitarbeiter David Hadas davon erzählt, nehmen die Ereignisse ihren Lauf, die zu Davids Tod führen und Will zu der Entscheidung treiben, diese Spuren zu verfolgen.

Davids Sohn kommt zu Will und möchte das Motorrad seines verstorbenen Vaters haben. Das bringt Will dazu es sich näher anzuschauen und er entdeckt tatsächlich eine weitere Botschaft von David. Die kodierte Mitteilung enthält sieben Namen, die anscheind an der Verschwörung beteiligt sind. Wird Will aber die Möglichkeit bekommen, herauszufinden, worum es genau geht?

Wills Team steht vor einer moralisch schwer zu überwindenden Aufgabe. Sie müssen beschließen, ob der Geheimdienst einen Anschlag verüben kann, um einen Terroristen auszuschalten. Das Problem ist, dass bei dem Anschlag unausweichlich Unschuldige betroffen sein werden. Will befindet sich in Washington und muss fasziniert beobachten, wie politische Spiele getrieben werden und wie geschickt sein Boss darin ist.

Ed entwickelt mittlerweile eine Obsession mit der Suche nach Donald Bloom. Will muss ihn mit Hilfe einer Lüge ausbremsen, denn die ganze Sache nimmt gefährliche Züge an, vor allem nachdem er Bloom tatsächlich findet. Bei der von Truxtons Frau organisierten Wohltätigkeitsveranstaltung trifft Will auf Katherine. Keiner der beiden weiß aber, wie eng ihre Wege miteinander verbunden sind.

Während Will endlich die Verbindung zwischen den sieben Jungs von dem Foto und der API-Arbeit herstellt, findet sein Team heraus, wer Kateb ist und wo er sich aufhält. Truxton muss wiederum den Befehl für Wills Terminierung geben, denn er scheint die Operation der Kleeblattverschwörer in Gefahr zu bringen. Aber was haben sie vor und wird es sich auf amerikanischem Boden abspielen?

Will erfährt zum Schluss die komplette Wahrheit, aber bringt ihm dieses Wissen einen Zugewinn? Kale Ingram versucht zum wiederholten Mal Will auszubremsen, bevor noch mehr Menschen verletzt werden. Für Katherine Rhumor gibt es keine Rettung mehr. Sie weiß einfach zu viel. Will sucht nach einem neuen Verbündeten und erzählt Miles die ganze Geschichte. Währenddessen bekommt Truxton von seinen vier Freunden einen Umschlag mit einem Kleeblatt. Das Ende?